2005-ben rászánta magát az országot akkorra már csődközeli állapotba vezető Gyurcsány-kormány arra, hogy privatizálja az ÁNTSZ-laboratóriumhálózatot. Így remélve némi bevételt a nehéz helyzetben lévő költségvetésnek.
Gyanús üzlet az állam rovására
Csakhogy nem igazán kapkodtak a lehetőség iránt, hiszen az állami tulajdonban lévő működtető, a Laboratórium Kft. évek óta masszívan veszteségesen működött. A kihasználatlanul maradt laborok összesített ráfizetése meghaladta az 1 milliárd forintot, ami az ÁNTSZ-t terhelte. A cég ennek következtében a dolgozók létszámát drasztikusan csökkentette, sok embert nyugdíjazott, sokaknak végkielégítést fizetett.
Az így előkészített céget végül kisebb kanyarok után az Euro-Labor Invest Kft. vette meg, amely a második körben egyedüli pályázóként indult. Eleve gyanús volt, hogy a vállalkozást nem sokkal korábban, 2005 decemberében, vélhetően erre az üzletre hozták létre. Az meg pláne, hogy
az állam a magánosításból eredetileg 1 milliárd forint bevételt remélt, az Euro-Labor Invest Kft. végül pitiáner összegért, 48 millió forintért jutott hozzá az amúgy értékes laborokhoz 2006-ban.
A győztes vállalkozást fele részben Deák Gábor tulajdonolta, ő volt a korrupciógyanús ügy központi szereplője. Nem ez volt az egyetlen gigabiznisz, amiben benne volt a keze az üzletembernek: az Ispotály Kft.-vel kórházi patikákat privatizált, később pedig többek között az egri Markhot Ferenc-kórház működtetését átvevő, majd csődbe jutó Hospinvesttel is nyomult egy időben. Mindez azt jelzi, hogy Deáknak kiterjedt gazdasági és politikai kapcsolatai voltak.
Jól jöhettek ezek a barátságok a laborüzlet megcsípésénél is. A Heti Válasz korabeli cikkében arra hívta fel a figyelmet, hogy gyanús összefonódások voltak a nyertes Deák, valamint az erősen áron alulinak tűnő pályázatot jóváhagyó grémium tagjai között, szinte valamennyiükkel.1

Ahogy az a Heti Válasz cikkéből kiderül, egy hétfős bizottság mondta ki a végső szót az ügyben. A testületnek többek között Gilly Gyula is tagja volt. Már önmagában ez is aggályos lehetett, hiszen Magyar Péter tanácsadója egy olyan döntéshez adta a nevét, amely az állami vagyon elherdálásáról szólt.
Úgy meg pláne, hogy a döntést megelőzően Gilly és Deák közös cégben voltak érdekeltek. 2004 szeptembere és 2005 januárja között Gilly töltötte be a PET-CT Központ Szolgáltató, Tudományos és Oktató Kft. ügyvezetői posztját, míg a tulajdonos ebben az időszakban nem más volt, mint Deák Gábor. Az Átlátszó 2013-as írásában úgy kommentálta az ügyet, hogy
"Gilly Gyula neve több korrupciógyanús ügyben is felbukkant az elmúlt években,"2 a gyanú szerint itt is lehetett valamiféle összejáték.
Miután Deák és köre 2006 elején potom összegért megszerezte az ÁNTSZ-laborokat, viszonylag gyorsan, 2008-ban túl is adott az Euro-Labor Investen. Nem is akármekkora összegért: a laboratóriumok 1 milliárd 540 millió forintért kerültek - egy off-shore cég közbeiktatása után - a Nyíri Viktor nagyvállalkozó érdekkörébe tartozó Poszterház Kft-hez.
Erősíti a korrupciógyanút, hogy nem sokkal a nagy haszonnal járó tranzakció után előbb Deák felügyelő bizottsági tag, később Gilly ügyvezető lett (a továbbra is) az értékesített cég, az Euro-Labor Invest tulajdonában álló Laboratórium Kft.-ben – ezt már az Ellenpont vette észre. Ez az a társaság, amely a privatizáció előtt "működtette" az ÁNTSZ-laborokat.
A kormányváltás után Szócska Miklós egészségügyi államtitkár hűtlen kezelés gyanújával feljelentést tett ismereten tettes ellen. Az ÁNTSZ-laborok gyanús körülmények között történő privatizációja a 2010 utáni politikai elszámoltatások egyik szimbolikus ügye lett. Nincs azonban jele annak, hogy az eljárásnak bármiféle jogi, vagy egyéb következménye lett volna.
Egészségügyi szakértő baloldali háttérrel
Gilly Gyula októberben bukkant fel a Tisza környékén, amikor több más szakértővel együtt részt vett az ellenzéki párt váci egészségügyi konferenciáján. Kiderült, hogy a Tisza egészségügyi munkacsoportjának vezetőjeként hónapok óta ő fogja össze a munkát a háttérben.
Szakmai álláspontját jól tükrözi, hogy 2017-ben megjelent könyvében arról értekezett: a kórházak számánál fontosabb, hogy az igazságosság elve érvényesüljön az egészségügyben. Ismerős gondolatok ezek, 2010 előtt a baloldal éppen ebből vezette le a kórházbezárások szükségességét.
Ezek után nem meglepő, hogy Gilly erős baloldali háttérrel rendelkezik. Sok más társához hasonlóan a nemzetközi hálózatból érkezett a Tiszához.3
1998 és 2002 között az Oktatási Minisztérium főosztályvezető-helyetteseként egy jelentős, 250 millió dollár összegű felsőoktatási fejlesztési program kapcsán a Világbankkal dolgozott együtt. Később kapcsolatba került a német szociáldemokrata alapítvánnyal, a Friedrich-Ebert-Stiftunggal (FES).
Szintén komoly kapcsot jelent a globalista körökhöz, hogy Magyar Péter új tanácsadója jelenleg is az Egyensúly Intézetnek dolgozik. Az agytröszt alapítói jól ismert baloldali háttéremberek: Boros Tamás és Závecz Tibor. A partnereik között pedig több a nemzetközi progresszív, liberális körökhöz kapcsolódószervezet találálható. Mint például a FES, vagy az Atlantic Council.